На база на познанията за хормоналната регулация на менструалния цикъл, съществуват препарати с ендокринна активност, които са мощен инструмент в медицинската практика при лечение на стерилитета. Начинът и последователността на приложение на тези медикаменти се нарича “протокол за стимулация”. Чрез прилагането им се цели образуването на повече зрели фоликули и предизвикването на овулация. При стимулацията се осъществява ултразвуков контрол и изследване на някои основни хормонални показатели.
Дълъг протокол: 
Протичане: Дългият протокол, наричан също "long protocol", е класикa при стимулацията за IVF и ICSI. При него, по средата на втората половина на цикъла (21–23-ти ден от цикъла) се поставя медикамент с продължително действие (депо-препарат) за подтискане на хипофизата.
След това се изчаква действието на препарата. Начинът на процедиране тук е различен. Някои клиники само изчакват кървенето и след това започват със стимулацията на яйчниците на 3ти ден от цикъла. Други изчакват точно определен период от време (често 14 дни) и първо контролират дали подтискането е подействало достатъчно (изследване на LH, FSH и естрадиол). Ако хормоните са достатъчно овладени, се започва стимулация с гонадотропини.
Особености: В следствие на депо-действието на GnRH-агониста, подтискането действа надеждно и след момента на пункцията на яйцеклетките. Това налага приемането на хормони на жълтото тяло и евентуално поставянето на hCG за подпомагане на втората половина на цикъла. Протичането на евентуално настъпилата бременност не бива повлиявано отрицателно от продължаващото действие. Но при несполука на терапията, кървенето може да настъпи с голямо забавяне.
При нормална овариална функция реакцията с този метод е значително по-силна отколкото при останалите протоколи и синдромът на хиперстимулация е по-често срещан. При „low-responder", т.е. жени, чиито яйчници реагират по-скоро слабо и със забавяне, може да се стигне до силно подтискане на функцията на яйчниците, и да не бъдат образувани достатъчно яйцеклетки за терапията.
Къс протокол:
Протичане: Така нареченият „къс протокол" не започва както „дългия протокол" още в предния цикъл, а с началото на кървенето, най-често на 2-ри ден от цикъла. За целта за подтискане се използват медикаменти с краткотрайно действие, които трябва да се прилагат ежедневно (спрейове за нос или ежедневни инжекции), за да се подтисне овулацията. Един или два дни след началото на подтискането започва хормоналната стимулация на яйчниците, по-нататък процедурата протича като при дългия протокол, обаче медикаментите за подтискане се спират преди пункцията.
Особености: Съществените особености са, че тук също се постига надеждно подтискане на овулацията. Действието обаче не продължава след пункцията и не е необходима терапия в предходния цикъл.
В началото на цикъла тук се получава един т. нар. "Flare-up"-ефект. Тъй като GnRH-агонистите, които се прилагат за подтискане, първо предизвикват повишаване секрецията на хормоните на хипофизната жлеза, преди да „парализират" функцията на същата, то в началото на цикъла настъпва един допълнителен стимулационен ефект, който увеличава шанса за достатъчна реакция точно при жени, които реагират лошо на хормонална стимулация („low-responder").
Ултракъс протокол:
Протичане: При „ултракъсия протокол" (ultrashort protocol), както и името показва, медикаментът за подтискане се поставя през един много кратък период от време. Най-често поставянето му става от 2–4ти ден от цикъла (ежедневно) и хормоните за стимулация на яйчниците се добавят от 3ти ден на цикъла.
Особености: Чрез него се получава т. нар. "Flare-up": Тъй като GnRH-агонистите първо предизвикват повишена секреция на FSH и LH и едва след стимулация блокират по-нататъшната функция на хипофизата, то първо се получава стимулация на яйчниците, т.е. едно подпомагане на хормоните, които трябва да стимулират яйчниците. Това е показно най-вече тогава, когато яйчниците отговарят бавно на хормоните („low-responder"), и един допълнителен стимулационен ефект е от полза. Тъй като поставянето става през кратък период от време, овулацията не се подтиска така надеждно, както при дългия или късия протокол, това обаче има предимството, че функцията на яйчниците не се подтиска твърде силно и е от полза при „low-responder".
GnRH антагонисти при ин витро и ИКСИ
Протичане: При протокола с антагонисти се прилагат медикаменти, които действат точно противоположно на GnRH агонистите. Тези субстанции не действат чрез стимулация на хипофизата, която едва по-късно води до блокиране, а задействат точната противоположност на GnRH и блокират веднага функцията на хипофизата. Ето защо могат да се дават в процеса на стимулация с FSH или hMG, когато фоликулите са толкова големи, че може да настъпи овулация. Обикновено приемането им става в един точно определен момент (напр. 7-ми ден от стимулацията) или при определена големина на фоликула, при която съществува вероятност да настъпи овулация.
Особености: При този протокол първо стимулацията става в „естествен цикъл", т.е. без негативите на подтискането (напр. твърде силно подтискане на функцията на яйчниците) и овладяващият ефект на регулацията настъпва едва в самия край и то ударно.
Това е от полза при две групи пациентки: при пациентки със СПЯ чрез късното подтискане първо се постига ненакърнена стимулация на яйчниците, т.е. могат да се изберат и много ниски дозировки, за да се избегнат хиперстимулации. Освен това към края на стимулацията се постига трайно подтискане на често повишените стойности на LH и задържане на прекомерното образуване на фоликули. Друга група са т. нар. „low responder", т.е. пациентки, които реагират много лошо на стимулации. Те биват подложени на възпиращата функция на подтискането много късно и лимитираните яйчникови резерви не биват засягани и могат да бъдат ползвани изцяло.